对于农村两层自建房的卫生间装修，可以从以下几个角度进行分析：

1. 功能性：卫生间装修首先要考虑功能性，即满足日常使用的需求。卫生间需要设置洗手盆、马桶、淋浴等基本设施，同时要考虑到卫生间的通风、排水、防水等问题。

2. 空间布局：卫生间的空间布局要合理，要充分利用空间。可以根据卫生间的大小和形状来合理布置洗手盆、马桶和淋浴等设施，同时要注意留出足够的活动空间。

3. 装修材料：卫生间装修材料的选择要考虑到防水、防滑、易清洁等因素。地面可以选用防滑地砖或地板，墙面可以选用防水涂料或瓷砖，洗手盆和马桶可以选用陶瓷或塑料等材质。

4. 色彩搭配：卫生间的色彩搭配要简洁明快，可以选择白色、灰色等中性色调，也可以选择蓝色、绿色等冷色调，但要注意色彩的协调性和统一性。

5. 照明设计：卫生间的照明设计要考虑到明亮、柔和、安全等因素。可以选择防水灯具或嵌入式灯具，灯光的颜色可以选择白色或暖黄色。

6. 通风设计：卫生间的通风设计要考虑到通风效果和防潮问题。可以设置通风口或安装排气扇，以保证卫生间的空气流通和干燥。

7. 排水设计：卫生间的排水设计要考虑到排水的顺畅和防止渗漏。可以选用合适的排水管道和地漏，保证排水的速度和质量。

8. 安全问题：卫生间装修还要考虑到安全问题，如地面防滑、电器防水、燃气泄漏等。要选用符合安全标准的装修材料和电器设备，同时要注意安全用电和用气。

9. 预算问题：卫生间装修需要一定的预算，要根据自己的经济能力和装修需求合理安排预算。可以选择价格适中、质量可靠的装修材料和设备，避免过度装修和浪费。

10. 施工质量：卫生间装修的施工质量要保证，要选择有经验的装修公司或施工队，确保施工质量和进度。施工过程中要注意监督和检查，发现问题及时解决。

综上所述，农村两层自建房的卫生间装修需要考虑多个方面的因素，包括功能性、空间布局、装修材料、色彩搭配、照明设计、通风设计、排水设计、安全问题、预算问题和施工质量等。在装修过程中，要根据自己的需求和实际情况进行合理的设计和安排，以确保卫生间的装修效果和使用体验。