农村自建房三层的地面材料选择需要考虑以下几个方面：

1. 耐磨性：农村自建房的地面需要经常承受家具、物品等的摩擦，因此地面材料的耐磨性非常重要。建议选择耐磨性较好的材料，如瓷砖、石材等。

2. 防滑性：农村自建房的地面经常会有水渍、油污等，容易造成地面湿滑，因此选择防滑性较好的材料非常重要。建议选择防滑性较好的瓷砖、石材等。

3. 易清洁性：农村自建房的地面需要经常打扫，因此选择易清洁的材料非常重要。建议选择表面光滑、不易吸附灰尘的材料，如瓷砖、石材等。

4. 环保性：农村自建房的地面材料需要考虑环保性，避免选择含有有害物质的材料。建议选择环保性较好的材料，如实木地板、复合地板等。

5. 价格：农村自建房的地面材料价格也是需要考虑的因素之一。建议选择价格适中、性价比较高的材料，如瓷砖、石材等。

6. 风格搭配：农村自建房的地面材料需要考虑与整体装修风格的搭配，以达到美观协调的效果。建议选择与整体装修风格相协调的材料，如瓷砖、石材等。

综上所述，农村自建房三层的地面材料选择需要考虑耐磨性、防滑性、易清洁性、环保性、价格和风格搭配等多个方面。建议选择耐磨性较好、防滑性较好、易清洁、环保性较好、价格适中的材料，并注意与整体装修风格的搭配。