在三层自建房内装修中，门窗的设计是至关重要的，需要从以下几个角度进行综合考虑：

1. 功能性：门窗是连接室内外的通道，其功能性是最基本的要求。在设计门窗时，需要根据使用需求确定门窗的尺寸、位置、数量和开启方式等，确保满足通风、采光、隔音、防火等要求。例如，在厨房和卫生间等区域需要设置通风窗，在卧室和书房等区域需要设置隔音性能较好的门窗。

2. 美观性：门窗也是室内装修的一部分，其外观和风格需要与整体装修风格相协调。在设计门窗时，需要考虑门窗的颜色、材质、造型等因素，以达到美观、舒适的效果。例如，可以选择与室内装修风格相近的门窗颜色和材质，或者在门窗上添加一些个性化的装饰元素。

3. 安全性：门窗的安全性是至关重要的，需要考虑门窗的结构强度、防盗性能、防坠落性能等因素。在设计门窗时，需要选择符合国家标准的门窗材料和配件，确保门窗的牢固性和安全性。例如，可以选择带有防盗锁和防盗网的门窗，或者在门窗上设置一些安全防护措施。

4. 节能性：门窗的节能性也是需要考虑的因素。在设计门窗时，需要选择密封性能较好的门窗材料和配件，以减少室内外热量的交换，达到节能的效果。此外，可以选择具有保温隔热性能的门窗材料，以提高室内的舒适度和节能性。

5. 成本效益：最后，门窗的设计还需要考虑成本效益。在选择门窗材料和配件时，需要考虑其价格和性能，以确保在满足使用需求和美观性的前提下，尽可能降低装修成本。此外，可以选择一些性价比较高的门窗材料和配件，以提高装修的经济性。

综上所述，在三层自建房内装修中，门窗的设计需要综合考虑功能性、美观性、安全性、节能性和成本效益等多个因素。通过合理的设计和选材，可以打造出舒适、安全、节能和美观的室内环境。