农村自建三层楼房的卫生间装修需要考虑以下几个方面：

1. 防水处理：卫生间的防水处理非常重要，因为卫生间是用水最多的地方，如果防水处理不好，会导致渗漏，影响楼下住户的生活。建议选用高质量的防水材料，并按照说明书的要求进行施工。

2. 地面处理：卫生间的地面需要平整，排水顺畅。可以选用防滑地砖或者地板革等材料进行铺贴，既美观又实用。

3. 墙面处理：卫生间的墙面需要防水、防潮、易清洁。可以选用瓷砖或者防水涂料进行处理。

4. 天花板处理：卫生间的天花板需要防水、防潮、易清洁。可以选用铝扣板或者塑料扣板进行处理。

5. 通风处理：卫生间需要通风良好，可以安装排风扇或者窗户进行通风。

6. 照明处理：卫生间需要明亮的照明，可以安装防水灯具进行照明。

7. 洁具安装：卫生间需要安装马桶、洗手盆、淋浴等洁具，需要根据卫生间的大小和个人需求选择合适的洁具，并按照说明书的要求进行安装。

8. 电路安全：卫生间需要安装防水插座，以确保电路安全。

总之，农村自建三层楼房的卫生间装修需要综合考虑防水、地面、墙面、天花板、通风、照明、洁具安装和电路安全等方面，以确保装修质量和使用安全。