对于普通农村自建二层房的卫生间装修，需要注意以下几个问题：

1. 地面防水：卫生间是用水较多的区域，地面防水处理非常重要。在装修时，应选择质量较好的防水材料，按照标准工艺进行施工。防水层应从地面延伸到墙面，高度不低于 1.8 米，以确保卫生间的防水效果。

2. 排水系统：卫生间的排水系统也非常重要。应选择合适的排水管道，并按照规范安装。排水管道要有一定的倾斜角度，以便污水能够顺利排出。同时，还要考虑到管道的检修和清理问题，以确保排水顺畅。

3. 通风换气：卫生间容易潮湿，通风换气非常重要。可以安装排气扇或者通风管道，以保证空气流通。

4. 电路安全：卫生间内会有水，电路安全也需要特别注意。应选择带有防水功能的开关和插座，并安装在干燥区域。同时，要注意电路的接地保护，以防止触电事故的发生。

5. 瓷砖选择：卫生间地面和墙面通常都要贴瓷砖，瓷砖的选择也非常重要。应选择防滑性能较好的瓷砖，以确保地面的安全性。同时，还要考虑到瓷砖的吸水性和耐污性，以方便清洁和保持卫生间的干燥。

6. 门窗安装：卫生间的门窗要注意密封性和防水性。门窗的安装要牢固，玻璃要选择防水性能较好的材质。

7. 照明设计：卫生间的照明设计也非常重要。应选择防水性能较好的灯具，并安装在干燥区域。同时，可以考虑在卫生间内安装镜子等辅助照明设施，以增加照明效果。

8. 储物空间：卫生间的储物空间也需要考虑。可以在卫生间内安装储物柜或者置物架，以便存放卫生用品和其他物品。

9. 安全防护：对于有老人和小孩的家庭，卫生间的安全防护也需要特别注意。可以安装扶手、防滑垫等安全设施，以确保使用的安全性。

10. 装修材料的环保性：卫生间装修材料的环保性也需要特别注意。应选择符合国家环保标准的装修材料，以减少对人体健康的影响。

总之，对于普通农村自建二层房的卫生间装修，需要注意地面防水、排水系统、通风换气、电路安全、瓷砖选择、门窗安装、照明设计、储物空间、安全防护和装修材料的环保性等多个方面的问题。只有在装修过程中全面考虑，才能确保卫生间的装修质量和使用的安全性和舒适性。