选择三层别墅自建房的地板材料时，可以从以下几个角度进行分析：

1. 耐磨性：由于别墅自建房的使用频率较高，地板材料需要具有较高的耐磨性，以保证长时间使用后不会出现划痕、磨损等问题。建议选择耐磨性能较好的强化地板、实木复合地板或实木地板等。

2. 稳定性：地板材料的稳定性也非常重要，因为别墅自建房的空间较大，地板容易受到温度、湿度等环境因素的影响。建议选择稳定性较好的实木地板、竹地板或强化地板等。

3. 环保性：由于别墅自建房的装修周期较长，地板材料的环保性也非常重要，以避免对人体健康造成危害。建议选择符合国家环保标准的地板材料，如 E0 级、E1 级等。

4. 装饰性：地板材料的装饰性也非常重要，因为地板是别墅自建房的重要装饰元素之一。建议选择与别墅风格相匹配的地板材料，如实木地板、竹地板等，以达到美观、大气的装修效果。

5. 价格：地板材料的价格也是选择时需要考虑的因素之一。建议在预算范围内选择质量较好、价格适中的地板材料，不要盲目追求低价产品。

综上所述，选择三层别墅自建房的地板材料时，需要综合考虑耐磨性、稳定性、环保性、装饰性和价格等多个因素，以选择最适合自己的地板材料。