农村自建房二层楼最新款的卫生间设计需要考虑多个方面，以确保卫生间的卫生和实用性。以下是一些建议：

1. 布局设计：卫生间的布局应该合理，确保功能区划分清晰，如厕区、洗漱区、淋浴区等。同时，要注意卫生间的通风和采光，避免潮湿和昏暗。

2. 地面排水：卫生间的地面应该倾斜，以便排水。排水管道应该设计合理，避免管道堵塞。可以考虑在卫生间地面铺设防滑地砖或地板，以增加安全性。

3. 墙面和天花板：卫生间的墙面和天花板应该防水、防潮、易清洁。可以考虑使用瓷砖或防水涂料等材料。

4. 卫生洁具：卫生间的卫生洁具应该选择质量好、易于清洁的产品。如厕区可以选择蹲便器或坐便器，洗漱区可以选择洗手盆或浴缸等。

5. 通风设备：卫生间应该安装通风设备，以保持空气流通。可以考虑安装排气扇或通风管道等设备。

6. 照明设备：卫生间应该安装足够的照明设备，以确保光线充足。可以考虑安装吊灯或壁灯等照明设备。

7. 储物空间：卫生间应该有足够的储物空间，以便存放卫生用品和清洁用品。可以考虑在墙面或地面设置储物柜或置物架等。

8. 水暖设备：卫生间应该安装水暖设备，如热水器、暖气片等，以确保热水供应和冬季取暖。

9. 电路安全：卫生间应该安装漏电保护装置，以确保电路安全。同时，要注意电线的铺设和电器的使用安全。

10. 清洁卫生：卫生间应该保持清洁卫生，定期进行打扫和消毒。可以使用清洁剂和消毒剂进行清洁，避免细菌滋生。

总之，农村自建房二层楼最新款的卫生间设计应该充分考虑到卫生、安全、实用性等多个方面，以确保卫生间的舒适和卫生。