以下是对农村三层别墅自建房室内布局设计的一些建议：

1. 一层设计：

首先要考虑到房屋的使用功能，如客厅、厨房、餐厅、卫生间等。客厅应设计在一层的中心位置，保证采光和通风良好。厨房和餐厅的设计应尽量靠近，方便用餐。卫生间可以根据需要设计多个，以方便家庭成员的日常使用。

2. 二层设计：

可以将二层设计为家庭成员的卧室区域。主卧可以设计在二层的中心位置，通常带有独立的卫生间和衣帽间。其他卧室可以根据家庭成员的数量和需求进行合理布局。此外，还可以考虑设计一个书房或休闲区，以满足家庭成员的不同需求。

3. 三层设计：

可以将三层设计为娱乐休闲区域，如影音室、健身房、露台等。影音室可以设计在三层的中心位置，保证视听效果。健身房可以设计在靠近窗户的位置，以保证通风和采光。露台可以设计为开放式或半开放式，作为户外休闲空间，可以欣赏美景，呼吸新鲜空气。

4. 楼梯设计：

楼梯是连接楼层的重要通道，也是室内布局的重要组成部分。楼梯的设计应考虑到安全性和便利性。楼梯的坡度和宽度应符合人体工程学的要求，以保证上下楼梯的舒适度。此外，楼梯的位置和走向也应考虑到室内布局的整体美观度。

5. 室内采光和通风：

室内采光和通风是室内布局设计的重要考虑因素。应尽可能利用自然光线和通风，设计窗户的位置和大小，以保证室内的明亮度和空气流通。此外，还可以通过灯光设计来增强室内的照明效果。

6. 室内装饰：

室内装饰也是室内布局设计的重要组成部分。可以根据家庭成员的喜好和装修风格，选择合适的墙面涂料、地板材料、家具等进行装饰。装饰的色彩和材质应与室内布局的整体风格相协调，以营造出舒适、美观的家居环境。

综上所述，农村三层别墅自建房的室内布局设计应充分考虑到使用功能、安全性、便利性、采光和通风等因素，同时注重室内装饰的搭配，以营造出美观、舒适的家居环境。