农村二层别墅自建房的装修过程中，保证施工质量的方法有以下几个方面：

1. 设计方案：在开始施工之前，需要有一个详细的设计方案，包括装修风格、材料选择、施工工艺等。设计方案应该符合别墅的实际情况，并且能够满足业主的需求。

2. 材料质量：装修材料的质量是保证施工质量的关键。在选择装修材料时，应该选择符合国家标准、有质量保证的品牌，并注意材料的环保性和耐久性。

3. 施工工艺：施工工艺的好坏直接影响到装修的效果和质量。在施工过程中，应该严格按照设计方案和相关的施工规范进行操作，确保每一个环节都符合要求。

4. 施工监督：施工过程中需要进行监督，以确保施工质量。业主可以聘请专业的监理人员或者自己进行监督，及时发现和解决问题。

5. 验收标准：在施工完成后，需要进行验收。验收标准应该明确，包括材料质量、施工工艺、装修效果等方面。如果发现问题，应该及时进行整改。

6. 维护保养：装修完成后，需要进行定期的维护保养，以延长装修的使用寿命。维护保养包括清洁、保养、维修等方面，需要根据实际情况制定相应的计划。

总之，农村二层别墅自建房的装修过程中，保证施工质量需要从多个方面入手，包括设计方案、材料质量、施工工艺、施工监督、验收标准和维护保养等。只有在这些方面都得到了充分的重视和保障，才能确保装修的质量和效果。