在农村自建中式二层小院中，设计储物空间需要考虑以下几个方面：

1. 功能需求：首先要考虑家庭成员的生活习惯和实际需求，确定需要储存哪些物品以及需要多大的储物空间。例如，如果家庭成员有大量衣物需要储存，可以在卧室或衣帽间内设置衣柜；如果需要储存粮食或农具等物品，可以在一层设置储藏室或仓库。

2. 空间利用：在农村自建房中，空间通常比较宽敞，可以充分利用墙壁、天花板、地面等空间来设置储物柜、吊柜、地柜等储物设施。例如，在楼梯下方或者墙角等闲置空间设置储物柜，可以有效地利用空间。

3. 风格搭配：中式二层小院的装修风格通常比较简洁、大气，储物空间的设计也要与整体装修风格相协调。可以选择与中式家具相搭配的储物柜，或者在储物柜表面增加中式装饰元素，如雕刻、彩绘等，以达到整体的装修效果。

4. 安全实用：储物空间的设计要考虑到安全因素，如储物柜的材质是否防火、防潮，门锁是否牢固等。同时，储物空间的设计也要注重实用性，方便物品的储存和拿取。

5. 人性化设计：可以根据家庭成员的身高、使用习惯等因素，对储物空间进行人性化设计。例如，在衣柜内部设置不同高度的挂衣杆，方便不同身高的人挂取衣物；在储物柜内部设置分类格，方便物品的分类储存和拿取。

综上所述，在农村自建中式二层小院中，设计储物空间需要充分考虑功能需求、空间利用、风格搭配、安全实用和人性化设计等多个方面，以达到美观、实用、安全的效果。