设计农村三层别墅可以考虑以下几点：

1. 地面布局：可以将一层作为起居室、餐厅、厨房等日常生活空间，二层可以设计卧室和浴室，三层可以考虑设计客房、娱乐室或阁楼等功能空间。

2. 建筑材料：可以选择环保、耐用的建筑材料，如砖、木材、石材等，以确保房屋的质量和寿命。

3. 自然光照：利用大窗户、天窗等设计，使阳光能够充分照射到房屋内部，增加采光度，同时可以设计通风良好的空间。

4. 室外空间：考虑到农村环境的特点，可以设计室外露台、花园、菜园等空间，让居住者可以享受户外活动和自然风光。

5. 考虑使用便利性：将厨房、卫生间等常用功能区域设计在同一楼层，方便生活；合理布置楼梯和楼梯间，使各楼层之间的通行更加便利。

6. 考虑节能环保：可以采用太阳能热水器、节能灯具、地暖等技术设备，提高居住的舒适度，减少能源的浪费。

7. 安全性：要确保房屋结构稳固，安全可靠，采取适当的防火、防盗等措施，保障居住者的生命财产安全。

总的来说，农村三层别墅的设计应该以实用性、舒适性、环保性和安全性为主要考虑因素，结合农村特有的自然环境和生活习惯，为居住者提供一个优美宜居的居住环境。