以下是对农村三层别墅书房装修问题的多个角度分析：

1. 功能需求：书房是用于阅读、学习、工作的空间，因此在装修设计时需要考虑到书房的功能需求。要根据使用者的需求和习惯来布置书桌、书架、椅子等家具，并且要保证书房有足够的采光和通风。

2. 空间布局：书房的空间布局应该合理，既要保证有足够的空间来放置家具和书籍，又要避免空间过于拥挤。可以采用开放式或半开放式的布局，让书房与其他空间相互连通，增加空间的流动性。

3. 装修风格：书房的装修风格应该与整个别墅的装修风格相协调。如果别墅的装修风格是中式风格，那么书房可以采用中式装修元素，如红木家具、字画、青花瓷等；如果别墅的装修风格是欧式风格，那么书房可以采用欧式装修元素，如壁炉、罗马柱、壁画等。

4. 照明设计：书房的照明设计非常重要，要保证有足够的照明亮度，同时也要避免灯光过于刺眼。可以采用吊灯、台灯、壁灯等多种照明方式，让书房的光线更加柔和、舒适。

5. 隔音效果：书房是需要安静的空间，因此在装修时要考虑到隔音效果。可以采用隔音材料来装修墙壁和天花板，或者在书房内安装隔音门窗，以减少噪音干扰。

6. 绿色环保：在装修书房时，要注意选择绿色环保的装修材料和家具，以减少甲醛等有害物质的释放。同时，要注意书房的通风，以保证室内空气的流通。

7. 安全防护：在装修书房时，要考虑到安全防护问题。可以安装防盗门窗、监控设备等，以保证书房的安全。此外，书房内的家具和电器也要注意安全问题，避免发生意外事故。

综上所述，农村三层别墅的书房装修需要考虑到功能需求、空间布局、装修风格、照明设计、隔音效果、绿色环保和安全防护等多个方面。在装修过程中，要注重细节和实用性，打造一个舒适、安全、环保的书房空间。