对于农村二层自建房的室内门窗选择，可以从以下几个角度进行分析：

一、门窗材质

1. 铝合金门窗：铝合金门窗具有较好的耐腐蚀、防水、隔音等性能，而且相对较轻，安装方便。但是铝合金门窗的隔热性较差，在冬季时室内温度流失较快。

2. 塑钢门窗：塑钢门窗具有良好的隔音、隔热、防火等性能，而且价格相对较低。但是塑钢门窗的耐腐蚀性和强度相对较差，使用寿命可能不如铝合金门窗。

3. 木质门窗：木质门窗具有自然、温馨的质感，但是木质门窗容易受潮、变形、开裂，需要经常保养。

二、门窗颜色

1. 铝合金门窗：铝合金门窗的颜色通常为银白色或铝本色，可以根据自建房的整体风格选择合适的颜色。

2. 塑钢门窗：塑钢门窗的颜色通常为白色、灰色或蓝色，可以根据自建房的整体风格选择合适的颜色。

3. 木质门窗：木质门窗的颜色通常为原木色或深色，可以根据自建房的整体风格选择合适的颜色。

三、门窗款式

1. 铝合金门窗：铝合金门窗的款式多样，可以选择平开式、推拉式、折叠式等多种形式，满足不同的使用需求。

2. 塑钢门窗：塑钢门窗的款式相对较少，一般为平开式或推拉式。

3. 木质门窗：木质门窗的款式可以根据需要进行定制，可以选择传统的中式门窗款式，也可以选择现代的简约款式。

四、门窗性能

1. 隔音性能：门窗的隔音性能是选择门窗时需要考虑的重要因素。铝合金门窗和塑钢门窗的隔音性能相对较好，而木质门窗的隔音性能相对较差。

2. 隔热性能：在夏季，门窗的隔热性能可以有效降低室内温度；在冬季，门窗的隔热性能可以减少室内温度流失。铝合金门窗和塑钢门窗的隔热性能相对较好，而木质门窗的隔热性能相对较差。

3. 防水性能：门窗的防水性能可以有效避免雨水渗入室内。铝合金门窗和塑钢门窗的防水性能相对较好，而木质门窗的防水性能相对较差。

4. 安全性：门窗的安全性也是选择门窗时需要考虑的重要因素。铝合金门窗和塑钢门窗的强度相对较高，不易变形，而木质门窗则容易受到外力破坏。

五、门窗价格

1. 铝合金门窗：铝合金门窗的价格相对较高，但是质量较好，使用寿命较长。

2. 塑钢门窗：塑钢门窗的价格相对较低，但是质量参差不齐，需要选择质量较好的品牌。

3. 木质门窗：木质门窗的价格相对较高，需要选择优质的木材和工艺。

六、安装与维护

1. 铝合金门窗：铝合金门窗的安装相对简单，但是需要注意门窗的密封性和防水性。铝合金门窗的维护也相对简单，只需要定期擦拭即可。

2. 塑钢门窗：塑钢门窗的安装需要注意门窗的密封性和防水性。塑钢门窗的维护也相对简单，只需要定期擦拭即可。

3. 木质门窗：木质门窗的安装相对复杂，需要注意门窗的密封性和防水性。木质门窗的维护需要定期保养，以延长门窗的使用寿命。

七、其他因素

1. 地域因素：不同地区的气候条件和环境因素不同，选择门窗时需要考虑地域因素。例如，在潮湿的地区，门窗的防水性能和防潮性能尤为重要。

2. 个人需求：不同人的需求和喜好也不同，选择门窗时需要考虑个人需求。例如，对于需要较好隔音性能的房间，可以选择隔音性能较好的门窗。

综上所述，农村二层自建房的室内门窗选择需要考虑多个因素，包括门窗材质、颜色、款式、性能、价格、安装与维护以及其他因素。在选择门窗时，需要根据自建房的整体风格、使用需求、预算等因素进行综合考虑，选择适合自己的门窗。同时，需要注意门窗的质量和安装质量，以确保门窗的使用寿命和安全性。