农村自建房三层的卫生间设计需要考虑多个方面，以下是一些常见的角度：

1. 功能需求：卫生间的设计需要满足家庭成员的日常需求。例如，卫生间的数量、布局、洁具的选择等都需要根据家庭成员的数量和生活习惯来确定。如果家中有老人或者行动不便的人，还需要考虑在卫生间中添加扶手等辅助设施。

2. 管道布局：卫生间的管道布局非常重要，需要合理安排上下水管道、排污管道等。管道的质量和施工质量也需要保证，以避免渗漏和堵塞等问题。

3. 通风排湿：卫生间容易潮湿，通风排湿非常重要。可以通过安装通风设备、设置通风口等方式来保持卫生间的干燥。

4. 防水处理：卫生间的防水处理非常重要，需要选择高质量的防水材料并进行规范施工，以避免渗漏和潮湿问题。

5. 电路安全：卫生间中需要安装插座、灯具等电器，电路安全也需要考虑。需要选择带有漏电保护功能的插座，并注意电路的防水和接地。

6. 空间利用：卫生间的空间有限，需要合理利用。可以通过安装吊柜、置物架等方式来增加储物空间，同时也可以提高卫生间的美观度。

7. 装修风格：卫生间的装修风格需要与整个房屋的装修风格相协调。可以选择简约、实用、舒适的装修风格，也可以根据个人喜好进行个性化设计。

总之，农村自建房三层的卫生间设计需要考虑多个方面，需要根据家庭成员的需求、管道布局、通风排湿、防水处理、电路安全、空间利用和装修风格等方面进行综合考虑和设计，以确保卫生间的实用性和舒适性。