农村二层自建房的卧室装修需要注意以下几个问题：

1. 安全问题：在装修卧室时，首先要考虑的是安全问题。要确保装修材料符合国家标准，并避免使用易燃、有毒或有刺激性的材料。同时，要注意电线、插座等的安全，避免漏电等事故发生。

2. 隔音问题：农村的环境相对比较安静，但是如果卧室靠近马路或者其他噪音源，就需要注意隔音问题。可以使用隔音材料来装修卧室，如隔音板、隔音绵等，以减少噪音的干扰。

3. 通风问题：农村的空气比较清新，但是卧室的通风也很重要。可以在卧室安装窗户或通风设备，以保证空气流通，提高室内空气质量。

4. 照明问题：农村的光线可能比较暗，因此在装修卧室时需要注意照明问题。可以安装合适的灯具，以保证室内光线充足，同时也要避免灯光过于刺眼。

5. 色彩搭配问题：卧室是休息和放松的场所，因此在色彩搭配上要注意舒适和温馨。可以选择柔和的色调，如米色、灰色等，以营造出舒适的睡眠环境。

6. 空间利用问题：农村的卧室空间可能比较有限，因此在装修时要注意空间利用问题。可以使用储物柜、床下储物等方式来增加储物空间，提高空间利用率。

7. 家具选择问题：在选择卧室家具时，要考虑到家具的尺寸、风格和舒适度等因素。要选择适合卧室空间的家具，并确保家具的质量和安全性。

总之，农村二层自建房的卧室装修需要注意安全、隔音、通风、照明、色彩搭配、空间利用和家具选择等问题，以确保装修效果和使用的舒适度。