农村二层楼房自建房的通风系统设计需要考虑多个方面，以下是一些常见的角度：

1. 建筑结构：在设计通风系统时，需要考虑建筑的结构，例如墙壁和天花板的厚度、门窗的位置和大小等。如果建筑结构允许，可以在墙壁或天花板上安装通风管道或通风口，以增加室内空气流通。

2. 通风需求：根据房屋的用途和居住者的数量，确定所需的通风量。例如，厨房和浴室需要更多的通风，以去除异味和潮湿，而卧室和客厅则需要适当的通风，以保持空气清新。

3. 气候和季节：在设计通风系统时，需要考虑当地的气候和季节。例如，在潮湿的季节，需要增加通风以去除室内的湿气，而在寒冷的季节，需要减少通风以避免室内温度过低。

4. 通风设备：选择合适的通风设备，例如风扇、空调、空气净化器等，以满足不同的通风需求。在选择通风设备时，需要考虑设备的功率、噪音、能耗等因素。

5. 通风管道：设计合理的通风管道，以确保室内空气流通顺畅。通风管道的尺寸、形状和安装位置需要根据建筑结构和通风需求进行确定。

6. 通风口：在墙壁或天花板上设置适当的通风口，以增加室内空气流通。通风口的位置、大小和数量需要根据建筑结构和通风需求进行确定。

7. 节能环保：在设计通风系统时，需要考虑节能环保因素。例如，可以使用太阳能通风设备、节能通风管道等，以减少能源消耗和环境污染。

综上所述，农村二层楼房自建房的通风系统设计需要综合考虑建筑结构、通风需求、气候和季节、通风设备、通风管道、通风口以及节能环保等多个方面。通过合理的设计，可以提高室内空气质量，保持舒适的居住环境。