对于农村二层楼房自建房的门窗选择，可以从以下几个角度进行分析：

1. 安全性：门窗是房屋的重要组成部分，其质量和安全性直接关系到居住者的生命财产安全。因此，在选择门窗时，首先要考虑其安全性。建议选择符合国家安全标准的门窗，并注意门窗的结构强度、五金配件、密封性能等方面的质量。

2. 实用性：农村自建房的门窗不仅需要具备基本的通风、采光、隔音等功能，还需要考虑到居住者的实际需求。例如，对于需要经常开启的门窗，可以选择带有把手或者拉手的门窗；对于需要防盗的门窗，可以选择带有防盗锁的门窗。

3. 美观性：门窗是房屋的外观之一，其美观性也会影响到整个房屋的美观度。因此，在选择门窗时，可以根据房屋的整体风格和居住者的审美喜好来选择合适的门窗款式和颜色。

4. 价格：门窗是房屋装修中的一项重要开支，其价格也会对装修预算产生一定的影响。因此，在选择门窗时，需要根据自己的经济能力和装修预算来选择合适的门窗品牌、型号和价格。

5. 环保性：随着人们环保意识的提高，环保性也成为了选择门窗时需要考虑的因素之一。建议选择环保型的门窗材料，如铝合金、塑钢等，以减少对环境的污染。

综上所述，对于农村二层楼房自建房的门窗选择，需要综合考虑安全性、实用性、美观性、价格和环保性等多个方面的因素，以选择最适合自己的门窗。