以下是对农村三层别墅的室内布局设计的一些建议：

一、空间规划

1. 动静分区：将活动频繁的区域，如客厅、厨房、餐厅等设置在一层，方便日常生活；将卧室、书房等需要安静的区域设置在二、三层，避免噪音干扰。

2. 公私分区：将公共区域，如客厅、餐厅、厨房等与私人区域，如卧室、书房等分隔开来，保障私密性。

3. 干湿分区：将卫生间、浴室等湿区与其他区域分隔开来，避免潮湿影响其他区域。

4. 通透布局：采用开放式或半开放式设计，让空间更加通透，增加采光和通风效果。

二、功能布局

1. 一层：客厅、餐厅、厨房、卫生间、车库等。

2. 二层：主卧、次卧、卫生间、书房、衣帽间等。

3. 三层：次卧、卫生间、露台、储藏室等。

三、装修风格

1. 简约风格：简约而不简单，注重空间布局与功能的结合，适合追求简洁、舒适的居住环境的家庭。

2. 欧式风格：豪华大气，注重细节处理，适合喜欢古典、优雅的居住环境的家庭。

3. 中式风格：传统典雅，注重意境和文化内涵，适合喜欢中国传统文化的家庭。

4. 混搭风格：将不同的装修风格进行混搭，打造独特的个性化居住环境。

四、细节设计

1. 楼梯：楼梯是室内布局的重要组成部分，应根据别墅的层高、空间大小等因素选择合适的楼梯形式和材质。

2. 门窗：门窗是室内外沟通的重要通道，应选择隔音、保温、密封性能好的门窗材料，保障居住的舒适性和安全性。

3. 灯光：合理的灯光设计可以营造出温馨、舒适的居住氛围，应根据不同区域的功能和需求选择合适的灯光类型和布局。

4. 储物空间：在室内布局中合理设置储物空间，可以增加室内的收纳能力，让居住环境更加整洁、有序。

5. 卫生间：卫生间是室内布局中的重要组成部分，应注意防水、通风、排水等细节设计，保障使用的舒适性和安全性。

五、安全设计

1. 安全出口：在室内布局中应合理设置安全出口，并确保其畅通无阻，以便在紧急情况下快速撤离。

2. 消防设施：根据别墅的建筑面积和使用功能，合理配置灭火器、消防栓等消防设施，确保消防安全。

3. 电器安全：合理规划电路布局，选用符合安全标准的电器设备和电线，避免电器安全隐患。

4. 安全防护：在楼梯、走廊、窗户等区域设置安全防护措施，如栏杆、护栏等，保障居住的安全性。

总之，农村三层别墅的室内布局设计需要综合考虑空间规划、功能布局、装修风格、细节设计和安全设计等多个方面，以满足业主的使用需求和审美要求，同时保障居住的舒适性、安全性和便捷性。建议业主在设计前与专业的室内设计师进行沟通，以获得更加科学、合理的设计方案。