对于农村三层别墅自建房的卫生间装修，可以从以下几个角度进行分析：

1. 功能性：卫生间是别墅中不可或缺的部分，需要满足人们的日常需求，如洗漱、沐浴、如厕等。因此，在装修卫生间时，需要充分考虑其功能性，合理布局，确保空间利用最大化。

2. 舒适性：卫生间是一个相对私密的空间，需要考虑使用者的舒适性。例如，可以选择防滑地面材料、设置充足的照明、安装浴霸等设备，提高使用者的舒适度。

3. 美观性：卫生间也是别墅整体装修的一部分，需要考虑其美观性。可以选择与整体装修风格相匹配的瓷砖、洁具等材料，提高卫生间的美观度。

4. 实用性：农村三层别墅的卫生间装修还需要考虑实用性。例如，可以安装节水型马桶、淋浴头等设备，节约用水，降低日常开支。此外，还可以安装储物柜、毛巾架等，提高卫生间的实用性。

5. 安全性能：卫生间是一个用水较多的地方，需要考虑其安全性能。例如，可以安装防漏电保护装置、防滑地面材料等，确保使用者的安全。

6. 环保性能：在装修卫生间时，需要考虑其环保性能。例如，可以选择环保型瓷砖、洁具等材料，减少对环境的污染。此外，还可以安装太阳能热水器等设备，节约能源。

7. 施工质量：卫生间装修的施工质量也非常重要。需要选择有经验的施工团队，确保施工质量，避免出现漏水、渗水等问题。

总之，农村三层别墅自建房的卫生间装修需要综合考虑功能性、舒适性、美观性、实用性、安全性能、环保性能和施工质量等多个方面，以确保装修效果达到最佳状态。