农村二层别墅自建房的门窗选择需要考虑多个方面，以下是一些常见的角度：

1. 安全性：门窗是房屋的重要组成部分，其安全性至关重要。在选择门窗时，需要考虑门窗的材质、厚度、密封性等因素，以确保门窗具有足够的强度和密封性能，能够有效防止盗窃、风雨等外部因素的侵袭。

2. 美观性：门窗是房屋的外观之一，其美观性也非常重要。在选择门窗时，需要考虑门窗的颜色、款式、尺寸等因素，以确保门窗与房屋的整体风格相协调，能够提升房屋的美观度。

3. 实用性：门窗的实用性也是选择时需要考虑的重要因素。在选择门窗时，需要考虑门窗的开启方式、透光性、隔音性、保温性等因素，以确保门窗能够满足日常生活的需求，为居住者提供舒适的居住环境。

4. 价格：门窗的价格也是选择时需要考虑的因素之一。在选择门窗时，需要根据自己的预算，选择价格合理的门窗，避免因价格过高而造成不必要的经济负担。

5. 品牌和厂家：选择知名品牌和厂家生产的门窗，能够保证门窗的质量和售后服务。在选择门窗时，可以通过查询相关的品牌和厂家排名，或者向已经使用过该品牌和厂家门窗的人咨询，以获取更准确的信息。

综上所述，农村二层别墅自建房的门窗选择需要考虑多个方面，包括安全性、美观性、实用性、价格以及品牌和厂家等因素。在选择门窗时，需要根据自己的实际需求和预算，综合考虑以上因素，选择最适合自己的门窗。