以下是对新中式农村二层小别墅中书房设计的一些建议：

1. 空间布局：书房的空间布局应该根据别墅的整体布局和书房的功能需求来设计。一般来说，书房需要有足够的空间来放置书桌、书架、椅子等家具，同时也要有足够的活动空间。在空间布局上，可以采用开放式或半开放式的设计，以便更好地利用空间和增加书房的通风采光。

2. 家具选购：在家具选购方面，建议选择具有中式风格的家具，如红木家具或仿古家具等。这些家具不仅具有中式特色，而且也比较耐用。书桌和椅子的选购要注重舒适性，可以选择有扶手和软垫的椅子，以及高度可调节的书桌，以提高使用者的舒适度。

3. 色彩搭配：新中式风格的色彩以深色为主，如深棕色、灰色等。在书房的色彩搭配上，可以选择与整体风格相协调的颜色，如深棕色或灰色的书桌、书架等。同时，也可以加入一些亮色元素，如绿色植物、红色装饰品等，以增加书房的活力。

4. 照明设计：照明设计是书房设计的重要环节，要保证书房有充足的照明。可以选择吊灯、台灯等多种照明方式，以满足不同的照明需求。同时，为了营造舒适的阅读环境，可以在书桌上安装局部照明设备，如台灯等。

5. 墙面装饰：墙面装饰可以根据个人喜好和整体风格来选择。可以选择挂画、书法作品、壁纸等多种方式来装饰墙面。在选择挂画时，可以选择一些具有中式特色的画作，如山水画、花鸟画等。

6. 隔音处理：书房需要一个安静的环境，因此在装修时要注意做好隔音处理。可以在墙面和地面铺设隔音材料，如地毯、隔音板等，以减少噪音干扰。

7. 绿植点缀：在书房中放置一些绿植，不仅可以美化环境，还可以起到净化空气、缓解疲劳的作用。可以选择一些适合室内环境的绿植，如吊兰、芦荟等。

以上是对新中式农村二层小别墅中书房设计的一些建议，希望对您有所帮助。在实际装修过程中，还需要根据具体情况和个人需求进行调整和完善。