新中式农村二层小别墅的装修照明设计需要注意以下几个方面：

1. 功能性需求：根据不同的空间功能，如客厅、卧室、书房、餐厅等，设计不同的照明方案。比如在客厅可以使用吊灯、台灯、壁灯等多种灯具来提供足够的照明，同时增加空间层次感；在卧室可以使用柔和的灯光来创造舒适的睡眠环境。

2. 照明方式：根据空间的大小、形状和风格，选择合适的照明方式。比如可以采用基础照明和重点照明相结合的方式，基础照明提供整体的照明，而重点照明则用于突出某个特定的物品或区域。

3. 灯光颜色：灯光颜色对于营造空间氛围有着重要的作用。一般来说，暖色调的灯光适合用于营造温馨的氛围，而冷色调的灯光则适合用于打造清爽、明亮的感觉。在新中式风格中，可以选择具有中国传统特色的灯光颜色，如红色、黄色等。

4. 灯具造型：灯具的造型应该与新中式农村二层小别墅的装修风格相协调。可以选择具有中国传统元素的灯具，如中式吊灯、台灯、壁灯等，以增强空间的整体感。

5. 照明亮度：根据空间的不同需求，设计合适的照明亮度。过亮或过暗的照明都会对视力和情绪产生不良影响，因此需要根据实际情况进行调整。

6. 照明控制：合理的照明控制可以提高照明的效率和方便性。可以使用开关、调光器等控制设备来控制不同区域的照明亮度和开关时间，以达到节能和方便的目的。

7. 灯具安装：灯具的安装位置和高度也需要注意。比如吊灯的高度应该合适，避免光线直射人眼；壁灯的安装位置应该考虑到灯光的照射范围和角度。

8. 照明安全：最后，照明设计还需要考虑到安全性问题。灯具的选择和安装应该符合相关的安全标准，电线和开关等也需要进行安全检查，以确保使用过程中的安全性。

综上所述，新中式农村二层小别墅的装修照明设计需要综合考虑多个方面，包括功能性需求、照明方式、灯光颜色、灯具造型、照明亮度、照明控制和照明安全等，以达到美观、实用、安全的效果。