农村自建房三层设计可以参考以下方案：

一、一层设计

一层主要作为日常的活动空间和接待空间，因此可以设计成一个大客厅，旁边附带一个厨房和餐厅，方便日常生活和接待客人。另外，需要设计一间老人房，配备独立卫生间，方便老人居住。如果有需要，也可以在一层设计一个储物间或者娱乐室。

二、二层设计

二层主要是作为主人的居住空间，可以设计两间卧室，一间为主卧配备独立卫生间、衣帽间和阳台，另一间为次卧。除此之外，二层还需要设计一个公共卫生间和一个书房或者办公区。

三、三层设计

三层可以设计为一个多功能的活动空间，可以根据个人需求进行设计。例如，可以设计一个开放式健身房、一个家庭影院、一个游戏室或者一个露台花园。如果需要额外的居住空间，也可以在三层设计一间卧室和一个卫生间。

在设计三层农村自建房时，需要注意以下几点：

安全性：在设计时要考虑房屋的结构安全、防火安全和地震安全等问题，选择合适的结构类型和材料。

功能性：在设计时要考虑每层的功能需求和流线设计，确保每个空间都得到了充分利用并且方便使用。

舒适性：在设计时要考虑房屋的采光、通风、保温和隔音等性能，选择合适的窗户、门和保温材料。

美观性：在设计时要考虑房屋的外观和内饰设计，选择合适的风格和材料，使房屋与周围的环境相协调并且具有吸引力。