在农村自建房三层装修中，以下几个空间需要特别关注：

1. 一层的客厅和餐厅：这是家庭成员和客人聚集的主要区域，需要确保空间宽敞明亮，装修风格符合家庭成员的喜好，同时要考虑到接待客人的需求，如沙发、茶几、餐桌椅等家具的选购。

2. 厨房：厨房是家庭生活中使用频率最高的区域之一，需要特别关注厨房的布局、橱柜的设计和电器的选用。要确保厨房有足够的存储空间，同时要考虑到厨房的通风和采光。

3. 卫生间：卫生间是家庭生活中必不可少的区域，需要特别关注卫生间的防水、排水和通风。要确保卫生间有足够的干燥区域，同时要考虑到卫生间的私密性和舒适性。

4. 卧室：卧室是家庭成员休息和睡眠的区域，需要特别关注卧室的隔音、舒适度和私密性。要确保卧室有足够的存储空间，同时要考虑到卧室的光线和色彩搭配。

5. 楼梯：楼梯是连接不同楼层的重要通道，需要特别关注楼梯的安全性、舒适度和美观性。要确保楼梯有足够的宽度和扶手，同时要考虑到楼梯的装修风格与整个房屋的装修风格相协调。

总之，在农村自建房三层装修中，需要特别关注每个空间的布局、功能和舒适度，同时要考虑到家庭成员的需求和喜好，以确保装修后的房屋能够满足家庭成员的生活需求，并为家庭成员带来舒适和愉悦的居住体验。