自建房农村三层的装修过程中需要注意以下安全问题：

1. 结构安全：在装修过程中，应避免对房屋的承重结构进行改造，如拆除承重墙、在承重墙上开凿洞口等。如果需要对房屋结构进行改造，应该先咨询专业的结构工程师，并按照其指示进行施工。

2. 用电安全：在装修过程中，需要安装合适的电线和插座，并确保电线和电器设备的质量符合安全标准。在施工过程中，应避免损坏电线和插座，以避免发生漏电事故。

3. 防火安全：在装修过程中，应选择符合消防安全标准的装修材料，并确保施工现场有足够的灭火设备。此外，还应避免在室内使用明火，以避免发生火灾事故。

4. 高处作业安全：在装修过程中，可能需要进行高处作业，如安装窗户、灯具等。在进行高处作业时，应确保施工人员佩戴安全带和安全帽等防护设备，并确保施工现场有安全的脚手架和梯子。

5. 材料安全：在选择装修材料时，应选择符合环保标准的材料，以避免对人体健康造成危害。此外，还应注意材料的质量和耐久性，以避免装修材料在使用过程中出现问题。

6. 施工安全：在装修过程中，应确保施工人员遵守安全操作规程，并避免进行危险的施工操作。此外，还应确保施工现场有安全的警示标志和防护措施，以避免发生意外事故。

7. 防水安全：在装修过程中，应注意防水问题，特别是在卫生间、厨房等区域。应选择合适的防水材料，并按照标准的施工工艺进行施工，以避免发生渗漏事故。

8. 通风安全：在装修过程中，应确保室内通风良好，以避免装修材料释放的有害物质对人体健康造成危害。

9. 防盗安全：在装修过程中，应安装防盗门窗等防护设备，以确保家庭财产的安全。

总之，在自建房农村三层的装修过程中，需要注意多个方面的安全问题，以确保装修过程的安全和顺利进行。