农村二层小别墅的装修过程中，保证施工质量是非常重要的，以下是一些可以采取的措施：

1. 选择有经验的装修公司或施工团队：选择一家有经验、信誉良好的装修公司或施工团队可以保证施工质量。可以通过咨询朋友、家人或在网上查找口碑良好的公司或团队。在选择装修公司或团队时，可以查看其资质证书、施工案例、客户评价等信息。

2. 签订详细的装修合同：在与装修公司或施工团队签订合同时，要仔细阅读合同条款，确保合同中包含详细的装修方案、施工进度、材料清单、质量标准、验收标准、售后服务等内容。合同中还应该明确双方的权利和义务，以及违约责任和赔偿条款。

3. 做好施工前的准备工作：在施工前，要确保别墅的结构和水电等基础设施符合装修要求。如果有需要，可以请专业的工程师进行检查和改造。此外，还需要清理别墅内的杂物，为施工做好准备。

4. 严格控制施工材料质量：施工材料的质量直接影响到施工质量，因此需要严格控制材料质量。可以选择有信誉的建材供应商，购买符合国家标准和环保要求的材料。在材料进场时，需要进行严格的检查和验收，确保材料的质量和数量符合要求。

5. 加强施工过程中的监管：在施工过程中，需要加强监管，确保施工按照设计方案进行，并符合质量标准。可以请专业的监理人员进行监督和检查，及时发现和解决问题。

6. 做好施工后的验收工作：施工完成后，需要进行严格的验收工作，确保施工质量符合要求。可以根据合同中的验收标准进行验收，并仔细检查每一个细节。如果发现问题，需要及时与装修公司或施工团队联系，要求其进行修复或整改。

总之，农村二层小别墅的装修过程中，保证施工质量需要从多个方面入手，包括选择有经验的装修公司或施工团队、签订详细的装修合同、做好施工前的准备工作、严格控制施工材料质量、加强施工过程中的监管以及做好施工后的验收工作等。只有这样，才能确保装修质量，让别墅的居住更加舒适和安全。