对于农村二层小别墅的卫生间装修，可以从以下几个角度进行分析：

1. 功能性：卫生间是别墅中重要的功能区之一，需要满足使用者的基本需求，如洗浴、如厕、洗手等。因此，在装修卫生间时，需要合理规划布局，确保各种设施（如淋浴房、马桶、洗手池等）的位置和尺寸合适，方便使用。此外，还需要考虑到卫生间的排水、通风、照明等问题，以确保卫生间的舒适性和安全性。

2. 美观性：卫生间也是别墅的一部分，其装修风格需要与整个别墅的装修风格相协调。可以选择与别墅整体风格相符的瓷砖、洁具等装饰材料，以增强卫生间的美观性。同时，还可以通过灯光、绿植等元素来营造温馨、舒适的氛围。

3. 实用性：卫生间是一个潮湿、易脏的区域，因此在装修时需要考虑到其防潮、防水、易清洁等问题。可以选择防水性能较好的材料，如瓷砖、防水涂料等，以确保卫生间的干燥和卫生。同时，还可以选择易于清洁的洁具和五金件，方便日常打理。

4. 空间利用：农村二层小别墅的卫生间通常空间有限，因此在装修时需要合理利用空间。可以选择壁挂式洁具、浴室柜等节省空间的产品，或者通过巧妙的布局设计来增加储物空间，方便存放卫生间用品。

5. 预算：卫生间装修也是别墅装修中的一部分，需要考虑到预算问题。可以根据自己的经济实力选择合适的装修材料和洁具，并合理安排施工进度，以确保装修质量和成本的平衡。

综上所述，农村二层小别墅的卫生间装修需要综合考虑功能性、美观性、实用性、空间利用和预算等多个方面。在装修过程中，需要根据自己的需求和实际情况进行合理规划和设计，以打造一个舒适、美观、实用的卫生间。