对于农村二层自建房别墅的卫生间装修，可以从以下几个角度进行分析：

1. 功能需求：卫生间是别墅中重要的功能空间之一，需要满足使用者的基本需求，如洗浴、如厕、洗漱等。因此，在装修卫生间时，需要合理规划布局，确保各种设施的尺寸合适、位置合理，方便使用。此外，还需要考虑卫生间的通风、排水、防水等问题。

2. 空间布局：卫生间的空间布局需要根据别墅的整体布局和使用者的需求来确定。一般来说，卫生间需要设置洗手台、马桶、淋浴区、浴缸等设施，同时要考虑到设施之间的距离和相互关系，以确保使用方便。在空间布局上，可以采用干湿分离的设计，将淋浴区和洗手台分开，以提高卫生间的使用效率。

3. 材料选择：卫生间是一个潮湿的环境，因此在装修材料的选择上需要注意防水、防滑、防腐等性能。地面可以选用防滑瓷砖或地板，墙面可以选用防水涂料或墙砖，天花板可以选用防水石膏板或铝扣板等材料。此外，卫生间的门窗、五金配件等也需要选择防腐性能较好的材料。

4. 通风排水：卫生间的通风和排水是非常重要的。通风不良容易导致潮湿、异味等问题，而排水不畅则容易造成渗漏。在装修卫生间时，需要合理设置通风口和排水管道，确保卫生间空气流通和排水顺畅。

5. 照明设计：卫生间的照明设计需要考虑到使用者的需求和安全问题。一般来说，卫生间需要设置多个照明区域，如洗手台、马桶、淋浴区等，同时要注意照明的亮度和色温，以提供舒适的照明环境。

6. 智能化设施：随着科技的发展，卫生间的智能化设施也越来越普及。在装修卫生间时，可以考虑安装智能马桶、智能浴霸、智能照明等设施，以提高使用者的舒适度和便利性。

综上所述，农村二层自建房别墅的卫生间装修需要综合考虑功能需求、空间布局、材料选择、通风排水、照明设计和智能化设施等多个方面，以确保装修后的卫生间既美观又实用。