在农村二层自建房别墅中，楼梯的装修需要注意以下几个问题：

1. 安全性：楼梯是连接上下两层的重要通道，因此楼梯的安全性至关重要。在装修楼梯时，需要确保楼梯的结构牢固，材料结实，扶手栏杆的高度和牢固度符合安全标准。此外，楼梯的防滑措施也需要考虑，可以选择在楼梯上铺设防滑垫或者安装防滑条，以防止使用者在楼梯上滑倒。

2. 实用性：楼梯不仅要美观，更要实用。在楼梯的设计上，需要考虑到楼梯的坡度、踏步的高度和宽度等因素，以确保使用者在上下楼梯时感到舒适和方便。同时，楼梯的转角处也需要进行合理的处理，以避免使用者在转角处发生碰撞。

3. 美观性：楼梯是别墅内部的重要装饰元素之一，其美观性直接影响到整个别墅的装修效果。在选择楼梯的材质和颜色时，需要考虑到整个别墅的装修风格和色调，以确保楼梯与整个空间相协调。同时，楼梯的造型和细节处理也需要精心设计，以增加楼梯的美观性。

4. 空间利用：在农村二层自建房别墅中，空间的利用非常重要。楼梯的装修需要考虑到如何最大限度地利用楼梯周围的空间。可以在楼梯下方设置储物柜或者书架，以增加空间的利用率。

5. 费用预算：楼梯的装修费用也是需要考虑的因素之一。在装修楼梯时，需要根据自己的预算来选择合适的材料和装修方式。同时，需要合理安排费用预算，以确保楼梯的装修质量和美观度。

综上所述，在农村二层自建房别墅中，楼梯的装修需要综合考虑安全性、实用性、美观性、空间利用和费用预算等多个方面的因素，以确保楼梯的装修效果符合预期，并为使用者提供舒适、安全的使用体验。