在二层自建房中安装空调系统需要考虑以下几个方面：

1. 确定空调系统类型：二层自建房通常面积较小，可以考虑安装分体式空调或中央空调系统。分体式空调安装方便，但需要占用室内空间；中央空调系统则可以隐藏在吊顶中，更加美观，但安装成本较高。

2. 选择合适的空调品牌和型号：在选择空调品牌和型号时，需要考虑房间面积、空调制冷量、能效比等因素。建议选择知名品牌的空调产品，以确保质量和性能。

3. 确定空调安装位置：空调安装位置需要考虑到气流组织和制冷效果。一般来说，空调应该安装在窗户对面或侧边，以利用窗户开启时的自然对流。同时，空调不宜安装在窗户下方，以免冷凝水滴落到窗户上。

4. 管道和线路安装：如果选择安装中央空调系统，需要进行管道和线路的安装。管道和线路的安装需要严格按照规范进行，以确保空调系统的正常运行。

5. 空调室外机安装：如果选择安装分体式空调，则需要考虑室外机的安装位置。室外机需要安装在通风良好、干燥、安全的地方，并且需要做好防盗和防风雨措施。

6. 空调系统调试：在空调系统安装完成后，需要进行调试。调试包括空调制冷效果、噪音、稳定性等方面的测试，以确保空调系统的正常运行。

综上所述，在二层自建房中安装空调系统需要考虑多个方面，包括空调系统类型、品牌和型号、安装位置、管道和线路安装、室外机安装以及系统调试等。只有在全面考虑这些因素后，才能确保空调系统的正常运行和制冷效果。