农村二层自建房翻新设计照明方案时，需要考虑以下几个方面：

1. 照明需求：根据房间的功能和用途，确定照明的类型和数量。例如，客厅和卧室需要柔和的灯光来营造舒适的氛围，而厨房和餐厅则需要明亮的灯光来保证工作和用餐的顺利进行。

2. 照明方式：选择合适的照明方式，例如吊灯、壁灯、台灯、落地灯等。在选择照明方式时，需要考虑灯光的亮度、色温、显色性等因素，以满足不同的照明需求。

3. 照明布局：合理布局照明，保证房间内的灯光均匀分布。可以采用多种照明方式组合，例如在客厅和卧室采用吊灯和台灯组合，在厨房和餐厅采用吊灯和壁灯组合。

4. 照明控制：设计照明控制系统，实现照明的智能化控制。例如，可以设置场景模式，根据不同的需求，一键切换不同的照明模式。

5. 照明安全：设计照明方案时，需要考虑照明的安全性。例如，选择合适的灯具和电线，保证灯具的安装牢固和电线的安全可靠。

6. 节能环保：选择高效节能的灯具，减少能源的浪费。同时，可以考虑使用太阳能或风能等清洁能源，实现照明的可持续发展。

综上所述，农村二层自建房翻新设计照明方案时，需要综合考虑照明需求、照明方式、照明布局、照明控制、照明安全和节能环保等多个方面，以确保设计出的照明方案能够满足用户的需求，同时兼顾节能环保和安全性。