对于农村二层别墅自建房的卫生间装修，可以从以下几个角度进行分析：

1. 功能性：卫生间是别墅中重要的功能区域之一，需要满足日常洗漱、沐浴、如厕等需求。因此，在装修卫生间时，需要充分考虑其功能性，合理布局，确保空间利用最大化。

2. 舒适性：卫生间是一个相对私密的空间，需要考虑使用者的舒适性。因此，在装修卫生间时，需要选择合适的材料，确保卫生间的地面平整、排水顺畅、通风良好、光线充足，以提高使用者的舒适度。

3. 安全性：卫生间是一个用水较多的区域，需要考虑防水、防滑、防火等安全问题。因此，在装修卫生间时，需要选择防水性能较好的材料，做好防水处理，同时选择防滑地面材料，确保使用者的安全。

4. 美观性：卫生间是别墅中的一部分，其装修风格需要与整个别墅的装修风格相协调。因此，在装修卫生间时，需要考虑其美观性，选择适合的颜色、图案和装饰，以提高整个别墅的装修效果。

5. 实用性：农村二层别墅自建房的卫生间装修还需要考虑其实用性。卫生间的装修需要考虑到农村生活的实际需求，如需要安装热水器、洗衣机、洗手池等设施，以提高其实用性。

6. 经济性：农村二层别墅自建房的卫生间装修还需要考虑其经济性。在装修卫生间时，需要合理控制装修预算，选择性价比较高的材料和设施，以确保装修费用在可承受范围之内。

综上所述，农村二层别墅自建房的卫生间装修需要综合考虑功能性、舒适性、安全性、美观性、实用性和经济性等多个方面，以确保装修效果达到最佳状态。