以下是对农村三层别墅卫生间设计的一些建议：

1. 确定卫生间数量和位置：根据家庭成员数量和生活习惯，确定每层需要的卫生间数量。通常，一层至少需要一个卫生间，二层和三层可以根据需要分配。卫生间的位置应该方便使用者，并且要考虑到管道铺设和排水的问题。

2. 卫生间的布局：卫生间的布局应该合理，方便使用。通常，卫生间需要配备洗手盆、马桶、淋浴间或浴缸、储物柜等设施。在布局时，要充分考虑到使用者的需求和习惯，确保卫生间的功能齐全。

3. 卫生间的通风和排水：卫生间需要良好的通风和排水系统，以保持干燥和卫生。通风口应该设置在适当的位置，以确保空气流通。排水管道应该畅通无阻，防止污水积聚。

4. 卫生间的防水：卫生间的防水非常重要，应该选择高质量的防水材料，并按照规范的施工工艺进行施工。防水层应该覆盖整个卫生间地面和墙面，高度至少要达到 1.8 米。

5. 卫生间的设备选择：卫生间的设备应该根据使用者的需求和预算进行选择。例如，可以选择节水型马桶、智能马桶、太阳能热水器等环保节能设备。

6. 卫生间的装修风格：卫生间的装修风格应该与整个别墅的装修风格相协调，可以选择简约、现代、欧式等不同的风格。装修材料应该选择防水、防滑、易清洁的材料。

7. 卫生间的安全问题：卫生间需要考虑到安全问题，例如安装扶手、防滑地面等。特别是对于有老人和儿童的家庭，安全问题更加重要。

总之，农村三层别墅的卫生间设计需要综合考虑使用者的需求、布局、通风、防水、设备选择、装修风格和安全等多个方面。在设计过程中，应该充分考虑到家庭成员的生活习惯和安全问题，以确保卫生间的实用性和舒适性。