农村二层别墅自建房的屋顶设计需要考虑多个因素，以下是一些常见的角度：

1. 功能性：屋顶的设计需要满足家庭的日常需求，如防水、隔热、保温、隔音等。因此，在设计屋顶时，需要考虑到当地的气候条件、建筑材料的选择以及屋顶的坡度等因素。

2. 美观性：屋顶的设计也需要考虑到美观性，与别墅的整体风格相协调。可以选择不同的屋顶形状，如平顶、斜顶、尖顶等，以及不同的屋顶材料，如瓦片、彩钢板、玻璃等，来达到美观的效果。

3. 安全性：屋顶的设计需要考虑到安全性，如防风、防雪、防震等。在设计时，需要考虑到屋顶的承载能力、结构稳定性以及屋顶材料的防火性能等因素。

4. 经济性：屋顶的设计也需要考虑到经济性，尽量减少建造成本。可以选择适合当地气候条件的屋顶材料，以及优化屋顶的结构设计，以达到节约建造成本的目的。

5. 环保性：在当今环保意识日益增强的社会，屋顶的设计也需要考虑到环保性。可以选择环保材料，如太阳能板、生态屋顶等，来减少对环境的影响。

综上所述，农村二层别墅自建房的屋顶设计需要综合考虑功能性、美观性、安全性、经济性和环保性等多个因素，以达到最佳的设计效果。