水泥基填缝的缺点主要有以下几个方面：

固化时间较长：水泥基填缝剂在施工后需要相对较长的时间来固化。填缝处需要避免受到外力干扰或水分侵入，以确保填缝效果的稳定和持久。

易开裂：水泥基填缝剂在长期使用过程中，特别是在温度变化较大或受到外力冲击的情况下，容易出现开裂现象。

颜色选择有限：与一些聚合物填缝剂相比，水泥基填缝剂的颜色选择相对较少，通常只有灰色或米黄色等几种选择。这可能会限制其在某些装饰要求较高的场合的使用。

不适用于柔性材料：水泥基填缝剂是一种刚性材料，其伸缩性较差。因此，它不适用于与柔性材料（如木材、橡胶等）进行填缝，因为柔性材料的伸缩变形可能会导致填缝处出现裂缝或脱落。

对基层要求高：水泥基填缝剂对基层的干燥度、平整度和清洁度要求较高。如果基层处理不当，可能会影响填缝剂的附着力和固化效果，导致填缝失败或出现质量问题。

收缩性较大：水泥基填缝剂在固化过程中会出现一定的收缩现象。这可能会导致填缝处出现空隙或裂缝，影响填缝的密封性和美观度。因此，在填缝前需要预留一定的伸缩缝或进行二次填缝以弥补收缩带来的问题。

水泥基填缝一种经济、实用的填缝材料。