在农村三层自建房的装修中，设计一个实用的书房需要考虑以下几个方面：

1. 空间布局：书房的空间布局应该合理，要考虑到书桌、书架、椅子等家具的摆放位置。书桌可以选择放在窗户旁边，这样可以保证光线充足。书架可以选择放在墙角或者墙面上，以便最大化地利用空间。

2. 隔音效果：书房需要有一定的隔音效果，以保证在书房内学习或工作时不会被外界噪音干扰。可以在墙面和地面上铺设隔音材料，或者选择具有隔音功能的门窗。

3. 光线与照明：书房的光线应该充足，可以选择采光良好的房间作为书房。同时，还需要考虑到照明问题，可以选择合适的灯光来满足不同的需求。

4. 装修风格：书房的装修风格应该与整个房屋的装修风格相协调。可以选择简约、舒适的装修风格，以便营造一个安静、舒适的学习或工作环境。

5. 家具选购：书房内的家具应该根据使用需求进行选购。书桌和椅子要保证舒适度和稳定性，书架要考虑存储空间和拿取便利性。

6. 绿植点缀：在书房中摆放一些绿植可以增加室内的氧气含量，净化空气，同时还可以缓解视觉疲劳。但要注意选择适合室内环境的绿植种类，并注意浇水和养护。

7. 安全防护：书房中应该安装一些安全防护措施，例如防盗门窗、灭火器等。这样可以保证书房的安全，让使用者更加安心。

综上所述，设计一个实用的书房需要综合考虑空间布局、隔音效果、光线与照明、装修风格、家具选购、绿植点缀和安全防护等多个方面。只有在这些方面都考虑周全，才能够打造一个舒适、安全、实用的书房。