设计农村三层别墅需要考虑以下几个方面：

功能布局：根据业主的需求和生活习惯确定每层的功能划分。通常，

一楼可以设置客厅、餐厅、厨房、卧室等日常起居空间；

二楼可以设置更多的卧室和浴室；

三楼可以设置休闲娱乐区域，如阁楼、书房或者娱乐室。

空间规划：合理规划每个房间的大小和位置，确保通风采光良好，并且能够满足家庭成员的需求。注意避免功能重叠和空间浪费。

结构设计：考虑到建筑安全和稳定性，需要进行结构设计。根据建筑面积和使用功能，选择合适的结构形式（如钢结构或混凝土结构）。

材料选择：在农村环境中，可以选择一些与自然环境相协调的材料，如木材或石材。同时要考虑材料的耐用性和保养成本。

外观设计：根据农村环境特点，可以选择一些具有乡土特色的外观设计元素，如斗拱、檐口等。同时要注意与周围环境的协调性。

环境规划：在设计过程中，要考虑到农村别墅的自然环境和景观规划。可以合理利用周围的自然资源，如花园、庭院或者农田。

以上只是一些基本的设计要点，具体的设计还需要根据实际情况进行综合考虑。

建议您咨询专业的建筑设计师或者室内设计师，他们能够根据您的需求提供更为详细和专业的指导。